Бесшумный флот

После поражения Мьюри Ундзэн от рук Медаки Куроками и студенческого совета в Академии Хаконива наступило временное затишье. Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новой угрозой, превосходящей предыдущие по сложности и опасности. В академии вновь происходят странные события, связанные с директором школы, который скрывает свои истинные намерения. Директор запускает «План Флакона» - проект, основанный на манипуляциях и тирании, способный поглотить всё окружающее.

Основная опасность исходит от группы новых студентов, называющих себя «Партия тринадцати». Эти обладающие сверхспособностями молодые люди действуют под руководством харизматичного и самоуверенного Удо Мияконодзе. Группа стремится захватить власть и разрушить порядок, установленный после предыдущей битвы. Ситуация осложняется возвращением старого врага, который был побеждён ранее, но теперь намерен завершить начатое. Действия «Партии тринадцати» и возродившаяся угроза ставят студенческий совет перед необходимостью противостоять сразу нескольким противникам.